习近平说，“要从保护人民健康、保障国家安全、维护国家长治久安的高度，把生物安全纳入国家安全体系，系统规划国家生物安全风险防控和治理体系建设，全面提高国家生物安全治理能力。要尽快出台生物安全法，加快构建国家生物安全法律法规体系、制度保障体系。”舆论认为，习近平提生物安全不会是空穴来风。
目前主流的观点比较倾向于认为新型冠状病毒是来自于蝙蝠。美国分子生物学家、罗格斯大学(Rutgers University)瓦克斯曼微生物研究所(Waksman Institute of Microbiology)化学生物学教授理查德•埃布莱特(Richard Ebright)对美国之音表示，SARS-CoV-2的基因组排序显示，它是来自于一种蝙蝠冠状病毒。
埃布莱特说：“存在于自然界的蝙蝠冠状病毒在中国多个地方都有，包括湖北省。因此，首个人感染病例有可能是自然发生的。”
最早提出2019新型冠状病毒可能来自于蝙蝠的研究机构之一恰恰是正处于争议中心的中科院武汉病毒研究所。著名学术期刊《自然》杂志2月3日刊登了该所和武汉金银潭医院以及湖北省疾控中心等机构的论文，指新型冠状病毒的自然宿主是蝙蝠，病毒可以利用SARS冠状病毒的受体ACE2（血管紧张素转换酶2）入侵人体细胞。论文的第一作者是武汉病毒所研究员石正丽。
财新网2月3日一篇关于病毒起源的报道说，石正丽的科研团队1月23日在bioRxiv预印版平台上发表文章，题目是“一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源”。文章说，新型冠状病毒与云南菊头蝠身上的RaTG13冠状病毒一致性高达96%。石正丽团队在疫情早期从5名患者身上获得病毒的全长基因组序列，发现SARS-CoV-2与SARS冠状病毒(SARS-CoV)的基因序列一致性达79.5%，与一种蝙蝠中的冠状病毒一致性达96%。
杜克大学全球卫生学院(Duke University Global Health Institute)传染病学教授格雷格•格雷医生 (Gregory Gray, MD)对美国之音表示，蝙蝠是如何把病毒传染给人的，这是值得研究的方向。
他说：“有可能是直接传染，病毒可以通过多种途径直接由蝙蝠传给人，比如直接接触、蝙蝠粪便、通过食物等。更普遍的传染途径是通过一种家畜。我们过去有很多这样的人类传染病暴发的案例，比如SARS（严重急性呼吸综合症，“非典”）和MERS（中东呼吸综合征）。”在SARS和MERS这两种严重呼吸道传染病的案例中，病毒的中间宿主分别被认为是果子狸和骆驼。
新华社2月11日曾报道说，岭南现代农业科学与技术广东省实验室与华南农业大学合作的团队通过分析1000多份宏基因组数据得出结论，穿山甲是新型冠状病毒的潜在中间宿主。但参与研究的人员表示，研究的穿山甲是从“某些特定机构获取的，不代表自然界中绝大多数的穿山甲携带冠状病毒。”
在另一方面，学术界目前基本排除了新型冠状病毒是来自于人工合成的说法。斯克里普研究所免疫学和微生物学副教授Mansun Law通过电子邮件给美国之音提供的一份非正式中文说明，标题是“SARS-CoV-2的近源研究”(The Proximal Origin of SARS-CoV-2)。这份说明是根据世界顶尖流行病学家哥伦比亚大学(Columbia University)的伊恩•利普金(W. Ian Liplin)、悉尼大学的爱德华•霍姆斯 (Edward Holmes)和斯克利普研究所的克里斯蒂安•安德森等人对SARS-CoV-2基因组中两个疑似人为干预的特征进行功能性和结构性的比较分析所得的结论。
声明说，“这些分析提供了大量的证据推论出SARS-CoV-2不会是实验室工程制造而泄露的病毒，而应该是病毒自然进化的产物。”